จิตรกรรมฝาผนังวัดอุโมงค์ในส่วนที่เหลือหลักฐานให้ชมในปัจจุบันอยู่บริเวณเพดานโค้งภายในอุโมงค์ ตัวอุโมงค์ตั้งอยู่บริเวณต่อเนื่องกับเจดีย์ทางทิศเหนือ โดยหันทางเข้าหลักไปยังทิศตะวันออกจำนวน 3 อุโมงค์ในด้านหน้า ซึ่งอุโมงค์กลาง (อุโมงค์ที่ 4) มีขนาดใหญ่ที่สุด ซึ่งสามารถเห็นได้ เพียง 3 อุโมงค์เท่านั้น คือ อุโมงค์ที่ 1, 2, และ 3 นอกเหนือจากนี้ไม่สามารถเห็นได้อีกทั้งภาพหลักฐานจิตรกรรมฝาผนังในอุโมงค์มีสภาพลบเลือนไปมาก จำเป็นต้องใช้เทคนิคคัดลอกจิตรกรรมด้วยมือและคอมพิวเตอร์ควบคู่กัน โดยการคัดลอกลายเส้น และการคัดลอกเป็นภาพสี จึงทำให้ยังสามารถเห็นภาพจิตรกรรมฝาผนังอันเก่าแก่ของศิลปะล้านนาซึ่งมีอายุกว่า 500 ปีได้ชัดเจนมากขึ้นกว่าเดิม[3]

จิตรกรรมผาผนังภายในอุโมงค์ของวัดอุโมงค์ตามสภาพปัจจุบันนั้น อยู่ในสภาพที่ชำรุดลบเลือนมาก จนหลายคนเข้าใจว่าคงไม่มีภาพจิตรกรรมหลงเหลือแล้ว แต่จากการสำรวจของโครงการย้อนรอยอดีตจิตรกรรมวัดอุโมงค์ กลับพบหลักฐานของจิตรกรรมฝาผนังมากกว่าที่คาดคิด เป็นเหตุให้กรมศิลปากรช่วยเหลือโดยจัดสรรงบประมาณแผ่นดิน เพื่อมาทำการสำรวจ และอนุรักษ์จิตรกรรมแห่งนี้เมื่อปลายปี พ.ศ. 2542-กลางปี พ.ศ. 2543

นอกจากนี้คุณภัทรุตม์ สายะเสวี ซึ่งเป็นหัวหน้าโครงการอนุรักษ์จิตรกรรมวัดอุโมงค์ของกรมศิลปากรในขณะนั้นได้เข้าร่วมทำงานอนุรักษ์จิตรกรรมอีกด้วย โดยการให้คำแนะนำและดูแลการปฏิบัติงานของทีมงานโครงการย้อนรอยอดีตจิตรกรรมวัดอุโมงค์ เป็นอย่างดี

ส่วนการอนุรักษ์งานจิตรกรรมฝาผนังวัดอุโมงค์นั้นได้นำกระบวนการทางเคมีและศิลปะ ซึ่งมีขั้นตอนตั้งแตทำการสำรวจ, ทำความสะอาดภาพจิตรกรรม, เสริมความแข็งแรงของผนังปูนฉาบ, ชั้นสีของงานจิตรกรรมให้มั่นคงแข็งแรงพร้อมทั้งบันทึกหลักฐานตลอดงานการอนุรักษ์ทั้งภาพถ่าย แผนผัง และภาพลายเส้น ระหว่างขั้นตอนดังกล่าวทีมงานได้ค้นพบภาพจิตรกรรมฝาผนังเพิ่มเติมด้วยความบังเอิญ คือ เหตุที่ทำให้อุโมงค์ชำรุดเนื่องจากมีรอยร้าวที่อุโมงค์ เมื่อฝนตกทำให้น้ำไหลซึมเข้ารอยร้าว จึงเกิดการสะสมของหินปูนที่เคลือบลายจิตรกรรมจนมองด้วยตาเปล่าไม่เห็น ทีมงานจึงเอาคราบหินปูนออกโดยใช้น้ำยาเคมีที่ทำให้คราบหินปูนอ่อนตัวลง จากนั้นใช่มีดฝานหินปูนออกทีละนิดจนหมด จึงปรากฏภาพจิตรกรรมที่สวยงาม[4]

• ภาพจิตรกรรมนกสลับดอกโบตั๋น

• ภาพจิตรกรรมนกสลับดอกโบตั๋น เทคนิกการจำลองภาพโดยการใช้คอมพิวเตอร์
• ภาพจิตรกรรมนกสลับดอกโบตั๋น ถ่ายจากกล้องดิจิตอล
• ภาพจิตรกรรมนกสลับดอกโบตั๋น ถ่ายจากกล้องดิจิตอล
• ภาพจิตรกรรมนกสลับดอกโบตั๋น ถ่ายจากกล้องดิจิตอล

• ภาพจิตรกรรมดอกบัวสลับลายเมฆ

• ภาพจิตรกรรมดอกบัวสลับลายเมฆ เทคนิคการจำลองภาพโดยการใช้คอมพิวเตอร์
• ภาพจิตรกรรมดอกบัวสลับลายเมฆ ถ่ายจากกล้องดิจิตอล

• ภาพจิตรกรรมดอกบัวสลับลายประจำยาม

• ภาพจิตรกรรมดอกบัวสลับลายประจำยาม เทคนิกการจำลองภาพโดยการใช้คอมพิวเตอร์
• ภาพจิตรกรรมดอกบัวสลับลายประจำยาม ถ่ายจากกล้องดิจิตอล

การใช้สี

ภาพจำลองจิตรกรรมภายในอุโมงค์สร้างขึ้นโดยการใช้ข้อมูลที่ได้จากการคัดลอกงานจิตรกรรม และการปฏิบัติงานอนุรักษ์จิตรกรรมฝาผนังด้วยกระบวนการทางเคมี ทำให้สามารถเห็นจิตรกรรมฝาผนังในสภาพเดิมก่อนการชำรุดเมื่อราว 500 ปีก่อน พบว่างานจิตรกรรมนี้มีสีที่ใช้มากอยู่ 2 สี คือสีแดงสด (แดงชาด) และลีเขียวสด สองสีนี้เป็นสีตรงข้าม ส่วนอัตราการใช้สีอยู่ที่ 70:30 หรือ 80:20 ซึ่งตรงกับทฤษฎีสีที่พบในงานจิตรกรรม ในสิ่งพิมพ์ต่างๆ รวมถึงภาพจากการถ่ายด้วยกล้องดิจิตอล ซึ่งเป็นทฤษฎีสีตรงข้ามตามอัตราส่วนดังที่กล่าวข้างต้น ดังนั้นจึงสามารถสันนิษฐานได้ว่า ช่างล้านนาสมัยนั้นรู้จักแนวคิดทฤษฎีสีและองค์ประกอบทางศิลปะก่อนที่ศิลปะจากตะวันตกจะแพร่หลายเข้ามาในประเทศไทยภายหลังอีกหลายร้อยปีต่อมา[5]